持续不断的战争几乎占据了约翰二世的大部分统治时间，而且他不像他的父亲一样热衷于参与神学研究和教义辩论，他看起来满足于把宗教事务交给宗主教和教会阶层去处理。只有当宗教直接影响到了帝国政治，例如有关教宗或希腊拉丁教会联合的时候约翰才会参与其中。他还组织了许多希腊与拉丁教会间的神学辩论。

约翰和他的妻子共同参与了宗教与慈善事业，并以他们接手筹建的许多教会建筑而闻名，其中包括著名的君士坦丁堡潘托克拉托尔基督修道院，包括基督全能者教堂、图书馆和医院。皇后去世后，皇帝在第一座教堂之北又修建了仁慈堂，对外开放。1136年增建圣米迦勒小堂连接两座教堂，作为科穆宁王朝和巴列奥略王朝的皇家陵墓，约翰二世夫妇、约翰五世等多位皇帝、皇后安葬于此)。这座修道院由三座教堂组成，它被形容为中期拜占庭帝国在君士坦丁堡最重要最富影响力的建筑之一。一座配有五所病房的医院隶属于这座修道院，并向所有社会阶层的公众开放。这座医院里有许多不是修道士的专业平信徒医生在这里工作。这座修道院还成为了科穆宁王朝的皇家墓地。

针对保罗派与博格米派异端追随者激烈的迫害是阿列克修斯一世统治晚期的特色。尽管对异端分子的压制措施仍然生效，但没有记录提及到约翰的统治时期有这样的迫害行动。在君士坦丁堡召开的一次宗教会议中调查了在许多修道院中流传的一位名叫eallos的已故僧侣的作品。基于这些作品中包含了博格米派信条与仪式的元素，他们被君士坦丁堡宗主教leostyppes于1140年5月下令焚毁。

皇室家族中的一位成员阿德里安·科穆宁被他的堂兄约翰二世委以重任。阿德里安成为了一位僧侣并陪同约翰参加了1138年的战役。当保加利亚作为一个自治教区需要一位德高望重的人作为主教时。阿德里安不久就被任命为保加利亚大主教。

军事功绩

尽管约翰二世曾获得过许多次战斗的胜利，但他的军事战略却是依靠占领并控制各居住点的防御工事来构筑稳固的边界防御。约翰二世统治时期大约组织了25场围攻战。

与威尼斯的冲突

约翰二世继位后，他就拒绝承认其父于1082年与威尼斯共和国签订的条约，该条约慷慨地给予了意大利城邦在拜占庭帝国内独特的贸易特权。然而政策的转变并非是缘于经济方面考量。正当拜占庭尤其依赖于威尼斯的海军援助时，一个涉及威尼斯人辱骂帝国皇室成员的事件导致了冲突的爆发。拜占庭报复性地进攻了科孚岛之后，约翰又流放了在君士坦丁堡的威尼斯商人。但这却得到了更进一步的反击，一支由七十二艘船组成的威尼斯舰队洗劫了罗德岛、希俄斯岛、萨姆斯岛、莱斯博斯岛并占领了爱奥尼亚海的凯法利尼亚岛。最终约翰被迫妥协;战争对他来说已成赔本买卖，并且他也不打算挪用陆军军费去为海军建造新舰只。约翰重新承认了1082年的条约。虽然如此，这次窘境却没有被帝国完全遗忘，并且它激励着约翰二世的继任者曼努埃尔一世数年后去重新建立一支强大的拜占庭舰队。

佩切涅格人的毁灭

1119-1121年约翰击败塞尔柱突厥人后，他开始将安纳托利亚西南部掌握在自己的控制下。随后在1122年，约翰又迅速地将他的军队运送到欧洲去抵御已经跨过多瑙河边境入侵paristrion地区的佩切涅格人。这些入侵者还得到了基辅大公的辅助。当切佩涅格人突入色雷斯时约翰包围了他们。为了骗取他们的信任约翰还提出愿意签订一份对他们有利的条约，随即他又组织了一场对切佩涅格人车阵的毁灭性突袭。beroia战役战斗非常艰难，约翰的腿也被射中了一箭，但最终拜占庭军队赢得了一场惨重的胜利。由大量英格兰人组成的瓦兰吉卫队在这次战役中对突破切佩涅格人的车城起到了决定性的作用，他们使用他们著名的长斧为部队开辟了前进的道路。这场战役也有效地终结了切佩涅格人作为一个独立民族的存在;许多战俘被安置在边境上成为帝国的农兵。

与匈牙利和塞尔维亚的战争

约翰与匈牙利公主皮罗什卡的婚姻将他卷入了匈牙利王室的斗争之中。约翰为匈牙利王位的潜在继承人álmos提供庇护的行为，引起了匈牙利人对他的戒心。之后在史蒂芬二世的率领下匈牙利人于11271129年间入侵了拜占庭的巴尔干领土;然而另一种说法是1125年拜占庭反击了匈牙利的入侵以及次年新一轮战争的爆发。

塞尔维亚战役可能发生在对匈牙利战争的两个阶段之间。约翰对塞尔维亚组织了一场突袭，并将很多塞尔维亚人集合起来运送到小亚细亚的尼科米底亚作为军事移民，此举是为了报复他们与匈牙利联合对抗帝国。这么做一部分是为了恐吓塞尔维亚屈服，另一部分也是为了加强帝国在东方边境抵御突厥人的力量。于是塞尔维亚又一次承认了拜占庭帝国的宗主权。

而匈牙利军队进攻了贝尔格莱德、尼什和索菲亚，位于色雷斯菲利普波里斯附近的约翰的军队在多瑙河舰队的支援下随即展开了反攻;在一个细节并不清楚但十分具有挑战性的战役之后，皇帝最终成功在haram堡垒击败了匈牙利和他的塞尔维亚盟友的军队;匈牙利人在过桥时因遭到了拜占庭军队的袭击而溃散，造成了巨大的伤亡。在此之后匈牙利人通过进攻brani?evo又立即与约翰挑起了新的战事。

除了拜占庭军队的胜利之外，iates还提到了几个促成和平恢复的条约。匈牙利人承认拜占庭对brani?evo的控制，贝尔格莱德和瑟乌姆也恢复了自11世纪六十年代以来被匈牙利所侵占的sirmium地区。两国之间的严重分歧也随着1127年匈牙利继承人álmos的去世而消除了。

对安纳托利亚突厥人的消耗战

在约翰统治的早期，突厥人的推进使得帝国在小亚细亚西部的边境战事十分的紧迫，他于是决心要将突厥人驱赶回去。1119年，塞尔柱人切断了安纳托利亚西南海岸城市安塔利亚附近的道路联系。约翰二世与约翰·阿克苏赫收复了老底嘉与索佐波利斯之后，帝国与安塔利亚、奇里乞亚乃至叙利亚十字军诸国的陆上联系也被打通了。

随着匈牙利战事的结束，约翰得以将他余下的大部分时间集中在小亚细亚的局势中。11301135年，他在幼发拉底河上游的马拉蒂亚开展了一场对抗达尼什曼德酋长国的战役。在他的大举进攻之下，突厥人暂停了在小亚细亚扩张的脚步，之后约翰准备主动打击敌人。为了将科穆宁家族的发祥地卡斯塔莫努重新掌握在帝国的控制之下，约翰紧密谋划了一系列针对突厥人的战役;并且在干革拉城留下了两千多名卫戍部队。由于约翰一座接一座的攻克了敌人的据点，他很快就赢得了一个令人敬畏的称号“破城者“。许多在曼齐克特战役之后失去的地区都被收复并驻守。然而，在东北方达尼什曼德王朝的强大威胁下，这些难以防守的新占领区甚至在约翰还在君士坦丁堡庆祝它光复时就被突厥人重新占领了。然而在约翰的坚持不懈下，卡斯塔莫努又再一次易手。

1139年春，皇帝与一群在sangarios河流域劫掠的突厥人的交战中取得了胜利，并通过驱散他们牲畜的方式显著地断绝了这些人的生活来源。他之后率领军队沿着黑海南岸经过比提尼亚和帕夫拉果尼亚行军来对抗达尼什曼德突厥人。随着egabras在特拉布宗独立政权的结束，chaldia所管辖的地区又重新回到了帝国的控制之下。但约翰却没能在1140年对新凯撒利亚城的包围战中夺取该城。拜占庭军队的战败更多的原因是天气而不是与突厥人的战斗:当时的天气非常糟糕，大量的军马死亡，粮食也开始短缺。

在奇里乞亚与叙利亚的战役

在黎凡特，皇帝再次主张增强帝国对十字军诸国宗主权并声称他在安条克的权利。1137年他从奇里乞亚亚美尼亚公国手中夺取了塔尔苏斯、阿达纳、摩普绥提亚，奇里乞亚亚美尼亚国王列翁一世与他的大部分家人都成为了俘虏被掠到君士坦丁堡，这为帝国打通了通往安条克公国的路径。